Государственный контрольный комитет Правительства Республики Карелия образован 3 августа 2011 года в соответствии с Постановлением Правительства Республики Карелия от 03.08.2011 №189-П.
Структура Госкомитета утверждена распоряжением Правительства Республики Карелия от 9 августа 2011 года № 445р-П.