Финансирование проектов предполагается осуществлять путем привлечения средств из внешних источников, а также изыскивая внутренние (российские, карельские) ресурсы. Софинансирование международных проектов из бюджетов городов и районов Республики Карелия, республиканского бюджета или, возможно, за счет участия частного предпринимательского и банковского капитала является важной составляющей международной деятельности республики. В перспективе Правительство Республики Карелия намерено ввести в республиканском бюджете отдельную строку с утверждаемой Законодательным Собранием Республики Карелия суммой на реализацию совместных проектов. Сегодня республиканские министерства, госкомитеты фактически софинансируют международные мероприятия (прием делегаций, загранкомандировки, семинары и выставки) через свои сметы расходов, хотя этих средств явно не достаточно.

Внешние источники финансирования приграничного сотрудничества подразделяются на четыре группы:

• программы Европейского Союза (Тасис, Тасис/ТГС, Лиен, Интеррег, ПСП, Города-побратимы);
• средства, выделяемые по линии государственного бюджета Финляндии ("Сопредельное сотрудничество");
• частные капиталы, пожертвования;
• бюджеты городов и коммун Финляндии.

Сложившаяся практика международной деятельности республики показала эффективность комбинирования четырех вышеназванных, по сути финляндских, каналов финансирования проектов с возможностями международных организаций, таких, как, Совет Министров Северных стран, СБЕАР, СГБМ.

Попытка увязывания различных финансовых источников предпринята в рамках Еврорегиона "Карелия". Создан общий фонд, который будут наполняться из программ ЕС (на российской стороне - Тасис, а на финляндской - Интеррег), районных и республиканского бюджета Республики Карелия, бюджетов коммун и городов Финляндии. Фонд может принимать вклады частных организаций, заинтересованных в развитии сотрудничества.

Решение о подаче заявок на финансирование проектов, инициированных карельской стороной, будет осуществляться на основе экспертизы проектных предложений по линии отраслевых министерств и госкомитетов Республики Карелия с последующей подачей согласованных заявок для утверждения в рамках рабочей карельско-финляндской подгруппы, на Исполкоме Еврорегиона "Карелия" и Европейской Комиссии.